Postanowienia umowy przewidują kary umowne za tzw. szkody pośrednie. Od 1 stycznia 2021 r. art. 433 pkt 2 nPzp zakazuje naliczania kar umownych  za zachowanie wykonawcy niezwiązane bezpośrednio lub pośrednio z przedmiotem umowy lub jej prawidłowym wykonaniem.

W literaturze wskazuje się, że odszkodowanie za szkody bezpośrednie ma na celu przywrócenie uwarunkowań poszkodowanej strony umowy do takiej sytuacji ekonomicznej, w jakiej znajdowała się przed podpisaniem umowy. Do szkód bezpośrednich zalicza się m.in. koszty poniesione na rozmowy telefoniczne lub na podróże służbowe. Natomiast do szkód pośrednich można zaliczyć skutki nienależytego wykonania umowy dla funkcjonowania miasta, utratę dofinansowania, konieczność wynajmu dodatkowych pomieszczeń na czas wykonywania robót.

Wyrok Krajowej Izby Odwoławczej z dnia 2017-07-24, KIO 1137/17, „Na wstępie Zamawiający wskazał, że założenia w oparciu o które Odwołujący formułuje swoje zarzuty dotyczące kar umownych, są błędne. Zamawiający jest jednostką sektora finansów publicznych, która w imieniu m. st. Warszawy wykonuje pewną część zadań ustawowych jednostki samorządowej. W tym przypadku są to zadania związane z utrzymaniem odpowiedniego poziomu standardu bezpieczeństwa i czystości dróg publicznych. Prace te są realizowane na rzecz społeczeństwa - osób korzystających z dróg publicznych, mieszkańców Warszawy. Zamawiający nie wykonuje tych prac "dla siebie", lecz dla tych wszystkich podmiotów, dla których utrzymanie odpowiedniego standardu dróg w Warszawie ma znaczenie. Tym samym, punktem odniesienia do wysokości kar umownych związanych z nienależytym wykonaniem świadczeń przez wykonawców nie mogą być szkody ponoszone przez Zamawiającego - w klasycznym ujęciu uszczuplenia aktywów wierzyciela (straty oraz utraconych korzyści). W przypadku nienależytego wykonania świadczeń przez wykonawców szkodą są wszelkie konsekwencje związane z nienależytym utrzymaniem drogi publicznej, a więc są to wszystkie bezpośrednie i pośrednie straty poniesione przez osoby trzecie lub społeczność lokalną, w tym paraliż komunikacyjny, opóźnienia komunikacji miejskiej, spóźnienia do pracy, niedostarczenie towarów na czas, wypadki i kolizje drogowe itd. W związku z powyższym, nie można również wprost odnosić wysokości kar umownych do wynagrodzenia wykonawcy z tytułu realizacji poszczególnych strat, lecz w pierwszej kolejności należy je odnieść do skutków oraz wagi, jakie mogłyby wywołać ewentualne nieprawidłowości w wykonaniu umowy dla funkcjonowania społeczności lokalnej. Zamawiający wskazał, że kary umowne były konstruowane właśnie pod takim kątem. W sytuacji, gdy nienależyte wykonanie umowy mogłoby wywołać poważne konsekwencje, kary umowne muszą być odpowiednio wysokie - szczególnie dotyczy to prac związanych z zimowym utrzymaniem dróg.”

Do szkód pośrednich można zaliczyć także utratę całości lub części dofinansowania zewnętrznego na realizacje danej umowy na roboty budowlane. Bardzo wysokim ryzykiem obciążone jest również zobowiązanie wykonawcy do pokrycia szkody w postaci utraconych korzyści zamawiającego

Odszkodowanie za szkody pośrednie ma na celu wyrównanie stronie poszkodowanej ewentualnych strat, jakie poniosła na skutek tego, że umowa nie została zrealizowana w taki sposób, w jaki zamierzono. W tym przypadku strona poszkodowana może domagać się odszkodowania także za zyski, które utraciła na skutek niewywiązania się drugiej strony z umowy. Takie odszkodowanie może być bardzo wysokie, można jednak ustalić jego górną granicę.